根据巴旦杏喜光的特点，采用树冠开张、通风透光良好的树形，易于获得丰产。适宜树形有圆头形、分层形、杯状形和自然开心形等，其中，以自然开心性应用较多。
幼苗定植后，在60～100厘米处定干。如果定植苗已有分枝，但又不能用作主枝时，可将这些分枝保留基部几个芽，进行较重短截，第2年春季，新梢长达10厘米左右时，选留3个延伸方向和着生位置都比较适宜的枝条作为主枝，多余的枝条，尽可能暂时留作辅养枝，不要急于疏除，以用于遮盖枝干，防止日烧。但对这些辅养枝，在生长过程中，需通过摘心等措施，抑制其过旺的营养生长，使所选留的主枝，有充分伸长的余地。
在主干上选留的3个主枝，可以邻近，但不宜邻接，各主枝间应保持20～30厘米的距离，要使主枝均匀地向外伸展，不能重叠，也不要相互影响，其分枝角度以40～45度为宜。
主枝长达 50～60厘米时，在各主枝的相应部位选留侧枝，如营养充足，管理得当，当年秋季便可获得生长充实、健壮的主枝和侧枝。冬季修剪时，只要疏除密挤枝即可。如果定植后，树体长势不旺，3个主枝的长度，达不到要求，也无法选留侧枝时，夏季可不必摘心或剪梢，而任其自然生长，冬季也不必进行修剪，但应加强地下的肥水管理，促进树体健壮，第2年多生枝叶，以利加速整形。
定植后第1年，可适当疏除部分多余枝条，以利集中营养，加速成形。
巴旦杏在生长过程中，很易发生侧枝，所以第2年对主枝可不必进行短截，但对长势较强的主枝，应适当予以控制，以保持各主枝间的长势平衡。对徒长枝和着生位置不当的枝条，不能利用时，宜及早疏除，暂时可利用的，可抑制其过旺的营养生长，到影响主、侧枝生长时，再行疏除；第2年使树冠保持3个主枝、5～6个侧枝，并保持开张的树姿和良好的通风透光条件。
定植后第3、4年，对主枝可不必短截，只疏除部分密集枝，并注意保持各主、侧枝间的长势平衡。