酵素菌肥与传统肥料在肥料制作工艺、养分构成、作用机理上都有本质的区别。 首先，酵素菌肥是采用发酵新工艺把酵母菌、丝状菌、有益菌“三菌结合” 菌种群体加工而成的肥料，所以肥料本身就含有大量有效活菌，施入土壤中就能作为养分被作物吸收，不会在地里形成残留物。同时，有益活菌在土壤中大量繁殖，又快速分解土壤中各种动、植物残体，溶解土壤中被固定的元素，达到解钾、释磷、固氮的目的，使土壤得到迅速改良，不会像化学肥料那样引起土地的板结。其次，酵素菌肥中大量的活菌群体进入土壤中后，定植于作物根际中生长发育，使作物根部迅速生长、深扎，这种高效功能是其它肥料所没有的，在瘦瘠地或者板结地、病虫害严重的土地，施用这种生物肥，效果更为明显。
市面上销售的任何一种肥料，不论是单一的高效氮、磷、钾化学肥料，或者二元（氮钾）、三元（氮、磷、钾）复合肥料，都不能与之媲美。元素单一的化学肥料，养分含量虽高，肥效虽速，但没有酵素菌肥料的多元结合，具有肥效又快速、又全面、又持久的功能；各种复合肥料虽有多元素的组合，但它没有酵素菌肥料所含有的大量有机质和有效微生物群体，没有能迅速改良土壤，使作物迅速长根和生长的功能。
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